1734年（清雍正十二年），姑苏名医雷大升（字允上）在苏州阊门开设了诵芬堂药铺，始创雷允上药业。
1863年（清同治二年），雷氏在上海开设分店，后称上海雷允上诵芬堂南号。
1877年（清光绪三年），苏州雷允上按前店后场的模式，设立加工场，并逐步扩大规模。
1922年（民国十一年），雷允上诵芬堂依法收执"九芝图"商标注册证书，成为我国最早的注册商标之一。
1934年（民国二十三年），上海雷允上诵芬堂北号开张。
1965年，雷允上九芝图牌六神丸被列为国家保密产品。
1979年，九芝图牌六神丸获国家质量金奖，并于一九八四年、一九八九年蝉联金奖。
1980年，九芝图牌荣获国家著名商标称号。
1994年3月，由苏州雷允上制药厂出资30万元设立苏州雷允上营养保健品公司，住所设在河西新区曙光村，注册资金30万元。
1995年11月，市医药集团有限公司以苏州雷允上制药厂、苏州药材采购供应站和苏州雷允上营养保健品公司为核心企业，以药材采购供应站百合保健品经营部、王鸿翥中药饮片厂、沐泰山药店、雷允上营养保健食品厂、王鸿翥药店、王鸿翥药店新区分号、雷允上诵芬堂(总号)药铺、童葆春药店、天益生药店、杜良济药店、为民药店、宁远堂药店、新风药店、灵芝堂药店、同益生药店、虎丘药店、保康药店、潘资一药店、利民药店、良利堂药店为紧密层企业，联合组建雷允上药业集团(苏州)。同时，苏州雷允上制药厂、苏州药材采购供应站并入苏州雷允上保健品公司，苏州雷允上营养保健品公司更名为雷允上药业集团公司(苏州)，集团性质为全民与集体联营企业，注册资本为2168万元，公司主所：西中市127号，共有员工1100多人，其中具有各类专业技术职称的300多人。
1997年3月，经市工商行政管理局登记，雷允上药业集团公司(苏州)将沐泰山、王鸿翥、童葆春等15家药店合并组成“苏州雷允上国药连锁总店”，属雷允上药业集团公司(苏州)的全资子公司，注册资金226.9万元，住所：西中市127号。
1997年，由中国远大集团公司出资6029万元(占70%)，苏州医药集团有限公司以所属雷允上药业集团公司(苏州)和苏州雷允上国药连锁总店的净资产，经评估确定为3690万元(占30%)出资，组建雷允上(苏州)药业有限公司。注册资本：9720万元，住所：西中市127号，员工1068人。
1998年10月，由中国远大集团公司出资900万元(占90%)，雷允上(苏州)药业有限公司出资100万元(占10%)收购常熟制药厂，设立常熟雷允上制药有限公司。
1999年2月，雷允上(苏州)药业有限公司股东会通过决议，批准公司出资设立苏州雷允上国药连锁总店有限公司，总投资为694万元。，其中雷允上(苏州)药业有限公司以原苏州雷允上国药连锁总店净资产631万元(占90%)出资，常熟雷允上制药有限公司以现金63万元(占10%)出资。注册资金694万元，住所：西中市127号。
1999年5月，雷允上(苏州)药业有限公司出资1607万元从中国远大集团公司收购常熟雷允上制药有限公司90%股份中的80% ，苏州雷允上国药连锁总店有限公司(于1999年2月成立)出资133万元从中国远大集团公司收购常熟雷允上制药有限公司90%股份中的10%。
2001年3月，雷允上(苏州)药业有限公司更名为雷允上药业有限公司。
2001年12月，雷允上药业有限公司投资1亿元的国家双高一优项目--雷允上新厂建设正式开工。
2004年6月，,雷允上药业有限公司苏州雷允上制药厂通过GMP认证，把雷允上药业推上了一个新的历史里程碑。
2006年4月18日，苏州雷允上商业有限公司注册成立。
2006年5月，六神胶囊上市，在全国知名品种六神丸的二次开发工作收到成效，六神软膏11月底上市。
2006年11月，雷允上药业有限公司通过中药软膏剂GMP认证。
2007年1月，六神软膏上市。
2008年11月，雷允上国药连锁总店有限公司通过江苏省食品药品监督管理局《药品经营质量管理规范》认证。
概况
从始创至今，『雷允上诵芬堂』一直以选料讲究、管理严格著称，民间曾将『雷允上诵芬堂』誉为“韩康”。上世纪二、三十年代，林森、于右任、张学良等名流政要长期服用雷允上名药，感其疗效卓著，均专为雷允上题词赠匾，盛赞有加，时有『北有同仁堂，南有雷允上』之典誉。 近三百年来，
在兼收并蓄、开放创新的吴文化个性中成长起来的雷允上人，秉承了百年立业的『允执其信、上品为宗』的企业信条，弘扬吴门医派精神，选地道药材，遵古法炮制，博采众长，创制了一批组方精当、功效显著的名药。尤以“六神丸” 为代表的中成药是吴门温病学派治病用药的经典体现，该药以六味名贵中药配制而成，能消肿解毒、清热止痛，服后六神皆安，故名“六神丸”。雷允上独创的“六神丸”被誉为中华国药的瑰宝，自清代一经问世，即传誉四方，远销香港、日本及东南亚各地。新中国成立以后，“六神丸”曾三次蝉联国家质量金奖，2007年雷允上“六神丸”的制作技艺已申报国家非物质文化遗产。
进入新世纪，雷允上与时俱进，在继承发扬中医药传统的基础上，运用现代制药技术设备进行了中药现代化的全面改造，投资人民币过亿元在苏州国家高新技术开发区建成了一个具有多条现代化药业生产流水线的新厂，形成占地六万五千多平方米，完全符合国家药品生产质量管理规范的现代化中药研发、生产基地，百年雷允上由此步入了一个快速发展的新阶段。
发展状况
已经发展成为集工业，商业和连锁为一体的企业。旗下包括常熟雷允上制药有限公司、苏州雷允上商业有限公司和苏州雷允上国药连锁总店有限公司。本着“传承、创新、和谐、发展”的经营理念，今天的雷允上人通过战略调整，积极开发六神系列等品牌新药，销售屡创新高，公司取得了良好的社会效益和经济效益；同时，商业和连锁在经营方面也取得了优异的成绩，是苏州地区的龙头企业之一。雷允上药业是南京中医药大学等多所医药院校的教学实习基地，被江苏省认定为高新技术企业，是2007年度苏州市劳动关系和谐企业，A级劳动保障信誉等级单位，苏州国家高新技术开发区优秀企业和纳税大户。近年来，雷允上药业积极开展野生动物保护工作，被江苏省林业局授予2007年度林业产业先进单位。 近三百年来，雷允上人秉承“允执其信、上品为宗”的企业信条，选地道药材，建名店、名厂，制济世良药，声誉鹊起，盛名举世。今天，雷允上人与时俱进，秉承传统，科学创新，谨记『聚百草、泽万民』的社会责任，力争开创现代中药的新纪元，为祖国的中医药发展，为和谐社会的建设做出我们的贡献。